Esto es una tontería, pero nunca me dio por mirarlo hasta hace poco, cuando hacía la instalación de una aplicación en un servidor capistrano siempre me pedía la contraseña de sudo tuviese o no permisos el usuario con el que desplegaba sobre la carpeta.

Luego tenía que entrar en el servidor para hacer que el dueño de despliegue fuese de nuevo mi usuario, no todos los días se hace una instalación, pero ya que está todo automatizado esto también debería.

La solución es muy sencilla, solo hay que añadir la siguiente linea al deploy.rb:

before("deploy:setup") { set :use_sudo, false }